En cuanto a la flora y la fauna contamos con la propia del clima en el que nos encontramos y de la zona geográfica, teniendo que destacar algunos endemismos y especializaciones ligadas al tipo de suelo. Destaca la importancia de la zona para la migración de aves, encontrando especies de alto interés ornitológico en determinadas épocas del año.
- Flora:
Podemos encontrar bosques con especies de encinas y alcornoques. Los bosques más abundantes son los de pinar de repoblación, entre los que encontramos el pino carrasco, el pino piñonero y el resinero. En estos bosques encontramos otras especies características y de sustitución como la coscoja, el enebro, algunos alcornoques o madroños, además de otros matorrales.
En los roquedos y cortados encontramos una vegetación altamente especializada denominada rupícola.
La vegetación de riberas depende para su estabilidad de la humedad aportada por los ríos y arroyos. Se disponen en bandas paralelas junto a los cauces de agua en función de las necesidades de humedad y de la resistencia a las crecidas y avenidas.
Algunas de las especies endémicas que podemos encontrar en la comarca son: Linaria salzmanii, Rupicapnos africana, Linaria huteri, Linaria clementei (la más grande de las linarias españolas). En los suelos peridotíticos: siempreviva colorada, saxifraga, centáurea de Carratraca presente en Sierra de Aguas. Limonium malacitanum, Calicotomo intermedia.
- Fauna:
En las zonas de montaña y escarpes encontramos:
Reptiles como la Lagartija Colilarga, el llamativo Lagarto Ocelado, la mimética Culebra Bastarda o la más ampliamente distribuida Culebra de Escalera. Dentro del grupo de las aves podemos encontrar al Roquero Solitario, Escribano Montesino, Collalba Negra, Cuervo, Grajilla, Chova Piquirroja. El Vencejo Común así como el Vencejo Real. Entre las rapaces nocturnas se podemos destacar la presencia de Búho Real, Mochuelo. Entre las rapaces diurnas destaca el Águila-azor Perdicera que en nuestra provincia nidifica la mayor población de España o el Buitre Leonado, además de Halcón Peregrino y Cernícalo vulgar.
De los Mamíferos podemos destacar la Cabra Montés. También se localizan medianos y pequeños carnívoros, como el Zorro único cánido superviviente en la provincia, o mustélidos como el Tejón, la Jineta o el Meloncillo.
En las áreas boscosas, aunque escasas, podemos encontrar una variedad representativa de fauna: Reptiles como la Culebra Bastarda, la Culebra de Escalera, Culebra de Collar y entre los Anfibios la Salamandra Común o el Tritón Jaspeado.
Son especies de aves características de estas zonas: Paloma Torcaz, Tórtola Europea, el Pito Real y Pico Picapinos entre los «pájaros carpinteros». Agateador Común, Carbonero Común, Carbonero Garrapinos, Piquituerto, el amenazado Colirrojo Real, también dominan este panorama las rapaces predadoras diurnas como Azor Común, Gavilán Común, Culebrera Europea, Aguililla Calzada, Busardo Ratonero; entre las aves nocturnas encontramos el Cárabo Común, el Búho Chico y el Mochuelo; entre los córvidos podemos destacar la presencia del Arrendajo.
Sobre los Mamíferos podemos destacar el Ciervo, el Jabalí y pequeños mamíferos como la Comadreja, Garduña, Turón, Tejón, Gato montés, Meloncillo, Jineta y por supuesto el Zorro.
En las zonas de río y ribera podemos citar entre los Anfibios el Gallipato, el Tritón Jaspeado, el Sapillo Pintojo Meridional o la Rana Común. Comparten área los Reptiles más acuáticos como el Galápago Leproso, Culebra Viperina o la Culebra de Collar.